Ｊリーグ王者の鹿島アントラーズはグループＧ、川崎フロンターレはグループＨ、名古屋グランパスはグループＥに入った。
グループステージは、４チームずつが８グループ（グループＡからＤは西地区、グループＥからＨは東地区）に分かれてホーム＆アウエーの６試合を行い、各グループの上位２チームがベスト１６に進出。
ラウンド１６はグループステージ首位チームのホームで１試合を戦う。準々決勝のカードは、再度組み合わせ抽選を行い決定される。
決勝は、１１月６日または７日に東京・国立競技場で行われる。優勝チームはアジア代表として、０９年１２月にＵＡＥで予定されているＦＩＦＡクラブワールドカップへの出場権を得る。【sportsnavi】
グループステージの組み合わせ
＜グループＥ＞
蔚山現代（韓国）、ニューカッスル・ジェッツ（オーストラリア）、北京国安（中国）、名古屋グランパス
＜グループＦ＞
ガンバ大阪、ＦＣソウル（韓国）、スリウィジャヤ（インドネシア）、山東魯能（中国）
＜グループＧ＞
上海申花（中国）、プレーオフの勝者２、鹿島アントラーズ、水原三星（韓国）
＜グループＨ＞
セントラルコースト・マリナーズ（オーストラリア）、天津泰達（中国）、川崎フロンターレ、浦項スティーラース（韓国）
